Niektóre postacie ninja są w grze słabsze inni są silniejsi, nie ma dwóch jednakowych ninja. Dla przykładu Obito jest w grze bardziej jako ciekawostka i możliwość korzystania ze zmiany wyglądu. Praktycznie żaden ninja nie będzie ulepszony wraz ze zmianą wersji będą jedynie osłabieni niektórzy zbyt silni jak np. Tobi.

W 2.0 zostaną dodani nowi ninja z których niektórzy będą silniejsi inni nie. Wiadomą sprawą jest, że silniejsi są trudniejsi do zdobycia a tych słabszych można dostać bardzo łatwo. Tak samo jest w obecnej wersji, możemy zdobyć Sage naruto, Hashirame, Tendo którzy są jednymi z lepszych ninja, choć skala w trudności z ich zdobyciem jest wprost proporcjonalna do ich mocy. Nie można oczekiwać, że w 3 dni ktoś zbierze ultra mocnego ninja.

Co do balansu, właśnie po to są Nerfy niektórych postaci które są zbyt silne względem innych a zdobycie ich nie jest trudne (patrz wyżej).